Terdapat banyak Pondok Pesantren di tanah Papua. Beberapa daerah yang men-syiarkan agama Islam di sana diantaranya Jayapura, Mimika, Nabire dan kabupaten lain.
Berikut ini adalah daftar Pondok Pesantren di daerah Papua. Untuk melihat list (daftar) Pondok Pesantren di daerah Anda, silakan klik tautan Daftar Ponpes se-Nusantara.
| Nama Pondok Pesantren | Alamat | Kecamatan |
|---|---|---|
| Pondok Pesantren Al Istiqamah Walesi | Desa Walesi Jayawijaya | Jaya Wijaya |
| Pondok PesantrenÊPP Al Muttaqin Jayapura | Buper Jayapura Papua | Jayapura |
| Pondok Pesantren At Thayyibah Nimbokrang | Jl. Iskandar Muda | Jayapura |
| Pondok Pesantren Al Kautsar Karya Pembangun | Jl. YPKP 16 C | Jayapura |
| Pondok Pesantren Nurul Anwar | Komba Jl. Durian RT.01 Rw. 07 | Jayapura |
| Pondok Pesantren Hidayatullah Cab Serui | Jl. Hang Tuah | Yapen Waropen |
| Pondok Pesantren DDI Babussalam | Jl. Tg. Pinang No. 03 Mandow | Biak Numfor |
| Pondok Pesantren Hidayatullah | Komplek SKB Ridge Dua | Biak Numfor |
| Pondok Pesantren Apik | Jl. Kapuas No 150 Karadiri | Nabire |
| Pondok Pesantren As Syafi'iyyah | Jl. Padat Karya Nabarua | Nabire |
| Pondok Pesantren Hidayatullah | Jln. Poros km 09 | Nabire |
| Pondok Pesantren Nurul Yaqien | Jl. Kesatrian Girimulya | Nabire |
| Pondok Pesantren DDI Ad Nurul Islam | SP 1 Kampung Komoro Jaya | Mimika |
| Pondok Pesantren DDI Nurul Islam | Jl. Mapuru Jaya SPI Timika | Mimika |
| Pondok Pesantren Yayasan Hidayatulla | Jln Padat Karya No 04 | Mimika |
| Pondok Pesantren Al Irsyad Al Islamiyah | Desa Yammua Arso Yi | Keerom |
| Pondok Pesantren Al Muhtadin | Jl. Jayawijaya 335 | Keerom |
| Pondok Pesantren Hidayatullah | Jl. Hanuraja Desa Holtekam | Jayapura |
| Pondok Pesantren Al-Hidayah | Jl. Baru I Tembus Melati | Jayapura |
| Pondok Pesantren Darud Dakwah Wal Irsyad | Jl. Beringin Entrop | Jayapura |
| Pondok Pesantren Darul Ma'arif | Jl. Baru Kota Raja | Jayapura |
Silakan berkontribusi untuk melengkapi daftar pesantren di daerah Anda. Silakan tulis di komentar atau kirim email ke list[at]ponpes[dot]net.
Untuk mengetahui profil singkat masing-masing Ponpes, silakan masuk ke tautan berikut.
Kok gak ada nomer pengurus pesantren