Berikut ini adalah daftar Pondok Pesantren di daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur. Untuk melihat list (daftar) Pondok Pesantren di daerah Anda, silakan klik tautan Daftar Ponpes se-Nusantara.
| Nama Pondok Pesantren | Alamat | Kecamatan |
|---|---|---|
| Pondok Pesantren Rabitha M. Al Islamiyah | Komplek Masjid Al Muhajirin | Kota Atambua |
| Pondok Pesantren Amal Ikhlas | Jl. DI. Panjaitan No 1 Kalaba | Teluk Mutiara |
| Pondok Pesantren Hidayatullah | Jl. Samratulangi No.16 | Teluk Mutiara |
| Pondok Pesantren Ikhwatul Mukminin | Desa Adonara PO BOX 58 | Kelubagolit |
| Pondok Pesantren PPMS Walisanga | Jl. Ikan Duyung | Ende Selatan |
| Pondok Pesantren Nuurussa'adah Mbay | Jl. Masjid Baiturahman | Aesesa |
| Pondok Pesantren Tarbiyatul Aulad NW | Lingkungan Tanah Putih | Reok |
| Pondok Pesantren Al-Qalam Tompong | Look Lesson Tompong | Sambi Rampas |
| Pondok Pesantren Al-Hikmah | Jl. Lapangan Tembak | Alak |
| Pondok Pesantren Attin | Kampung Maleset | Alak |
| Pondok Pesantren Aisyiyah | Jl. KH. Achmad Dahlan No. 18 | Oebobo |
| Pondok Pesantren Al Qur'an | Jl. Keuangan Negara No. 23 | Oebobo |
| Pondok Pesantren Mahasiswa El-Fat | Jl. Keuangan Negara No. 1 | Oebobo |
Jika ada nama Ponpes yang masih belum masuk daftar diatas, mohon berikan feedback kepada kami. Anda juga dapat berkontribusi untuk melengkapi daftar pesantren di daerah Anda dengan cara menuliskan di komentar atau mengirim email ke list[at]ponpes[dot]net.